Waar beleidsmonitoring als voornaamste doel het meten van het effect van het ANLb op de weidedevogels heeft, heeft de beheermonitoring als doel om het agrarisch natuurbeheer zo goed mogelijk af te stemmen op de aanwezigheid en het gedrag van de weidevogels in een gebied. Ook geven de uitslagen van beheermonitoring informatie over of het uitgevoerde beheer tot de gewenste beheerresultaten leidt en hoe het verder kan worden geoptimaliseerd. De agrarische collectieven zijn verantwoordelijk voor de beheermonitoring.
Beheermonitoring van weidevogels wordt net als beleidsmonitoring door opgeleide vogelaars gedaan. Gedurende het weidevogelseizoen worden er meerdere tellingen uitgevoerd en ingevoerd in een registratiesysteem, bijvoorbeeld de boerenlandvogelmonitor. Het monitoren van nesten en kuikens wordt minimaal twee keer per weidevogelseizoen gedaan, in de vestigingsfase en in de kuikenfase. Bij voorkeur gebeurt dit nog vaker omdat het soms lastig is om kuikens te kunnen identificeren in het veld. Kuikens worden geïdentificeerd aan de hand van het gedrag van de oudervogel en niet elke weidevogelsoort laat dit goed zien. Over het algemeen geldt: hoe vaker de vogels worden gemonitord, hoe beter het beeld dat je krijgt. Het is hierbij wel van belang om een goede afweging te maken tussen monitoren en het met rust laten van de vogels.
Na het invoeren van de resultaten van de monitoring, wordt er een stippenkaart (zie figuur 1) gemaakt waarop te zien is waar de nesten en/of kuikens zitten in het gebied. Aan de hand hiervan kan gedurende het seizoen met het beheer ingespeeld worden op waar de vogels zitten. Op percelen waar nog vogels met kuikens zitten kan in juni het beheer worden opgeschaald of last-minute beheer worden toegepast. Door aan het eind van het jaar deze stippenkaart te vergelijken met het beheer in het gebied kan besloten worden om het beheer aan te passen. Zo wordt jaarlijks geprobeerd het beheer te optimaliseren.
